住房公积金的缴存，按照住房公积金管理条例的规定，住房公积金是由用人单位和职工个人按照同比例缴存，其中职工是按照本人上一年度月平均工资乘以职工住房公积金缴存比例；单位为职工缴存的住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资乘以单位住房公积金缴存比例。
考察住房公积金月缴存金额的标准有两个，一是缴存基数，二是缴存比例。由于每个人的收入情况不一样，所以缴存基数的差距是比较大的，住房公积金的缴存基数，是按照上一年度的月平均工资作为缴存基数，很多地方计算上一年度职工本人月平均工资标准，基本上是按照养老保险的缴费基数来作为标准。
对于养老保险的缴费基数，按照人社部发（2015）28号文件的规定精神，机关单位(含参公管理的单位)工作人员的个人缴费工资基数包括：本人上年度工资收入中的基本工资、国家统一的津贴补贴，包括了艰苦边远地区津贴、西藏特贴、特区津贴、警衔津贴、海关津贴等国家统一规定纳入原退休费基数的项目。规范后的津贴补贴(地区附加津贴)、年终一次性奖金等。
事业单位工作人员的个人缴费工资基数包括：本人上年度工资收入中的基本工资、国家统一的津贴补贴，包括艰苦边远地区津贴、西藏特贴、特区津贴等国家统一规定纳入原退休费计发基数的项目，绩效工资。其余项目暂不纳入个人缴费工资基数。
从缴存基数来看，公务员和事业单位工作人员，对纳入养老保险缴费基数的规定是有一定差距的，公务员的年终奖是要纳入缴费基数的，但是事业单位工作人员除了基本工资、津贴补贴、绩效工资等以外，实际上年终奖没有纳入缴费基数。如果当地住房公积金的缴存基数与养老保险的缴费基数是一致的，事业单位工作人员的缴费基数就会低于公务员的缴费基数。
但我们在分析问题，认识问题时，都要按照一分为二的观点去认识和比较，其实很多事业单位工作人员，特别是部分差额拨款事业单位的工作人员，其每年的工资收入都要远远高于公务员，比如三甲医院的医生和护士，部分科研院所和高等学校等，这部分单位的年收入很多人都是年薪制，有的还有项目科研经费，各种奖金也是非常高的。所以这部分事业单位工作人员的住房公积金会高于公务员。
从缴存比例来看，住房公积金的缴存比例最低为5%，最高的为12%，公务员住房公积金的缴存比例，在一个县的范围之内基本上是统一的，由于是由财政全额拨款，缴存比例是多少，县级以下的各个部委办局和乡镇是没有自主权的。
凡是全额拨款的事业单位没有自主决定缴存比例的自主权，基本上都是按照县里的统一规定执行，垂直管理的公务员或是事业单位单位，则是按照上级主管部门规定的缴存比例执行。比如在一个县的范围之内，垂直管理的事业单位有的缴存比例还会高于县直管理单位的公务员。
综上所述，事业单位工作人员的住房公积金每月缴存的金额比公务员少，这是一种正常现象，缴存金额减少的主要原因是由缴存基数、缴存比例导致的。在一个县的范围之内，缴存比例基本上都是一致的，主要是由缴存基数的计算方式不同导致的。